军队保卫部门是中国人民解放军的政治安全保卫机关，不是国家公安机关的组成部分，在行政、业务上自成体系，不受公安机关的领导。军队保卫部门的重要任务之一，是负责侦查军队内部发生的刑事案件。1993年12月29日第八届全国人大常委会第五次会议通过的《关于中国人民解放军保卫部门对军队内部发生的刑事案件行使公安机关的侦查、拘留、预审和执行逮捕的职权的决定》规定，中国人民解放军保卫部门承担军队内部发生的刑事案件的侦查工作，同公安机关对刑事案件的侦查工作性质相同。军队保卫部门在刑事诉讼中，可以行使宪法和法律规定的公安机关的侦查、拘留、预审和执行逮捕的职权。1996年修正的刑事诉讼法第225条对此作出了进一步规定。

    监狱是国家的刑罚执行机关，是实现人民法院的生效裁判，对罪犯进行劳动改造的主要场所。依据法律有关规定，被判处死刑缓期二年执行、无期徒刑、有期徒刑的罪犯，在监狱内执行刑罚。在长期的实践中，我国监狱机关形成了一整套行之有效的管理制度，建立了比较完整严密的侦查部门，负责立案侦查罪犯在监狱中的犯罪案件。由于监狱现已全部脱离公安机关，因此，1994年12月29日颁布实施的监狱法第60条规定对罪犯在监狱内犯罪的案件，由监狱进行侦查。修正后的刑事诉讼法第225条作出了相同的规定，并规定，监狱办理刑事案件，也适用刑事诉讼法的有关规定。在刑事诉讼过程中，监狱享有公安机关侦查案件的职权，如讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、扣押、鉴定等。侦查终结后，监狱认为应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的，写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送人民检察院审查起诉。

    此外，根据刑事诉讼法和监狱法的有关规定，监狱在刑事诉讼过程中还享有一些其他职权，如在罪犯服刑期间，发现在判决时所没有发现的新的罪行，有权移送人民检察院处理；对罪犯应予监外执行的，有权提出书面意见，报省、自治区、直辖市监狱管理机关批准；被判处死缓的罪犯，在执行期间，如果没有故意犯罪的，2年后有权提出减刑建议，报省、自治区、直辖市监狱管理机关审核后，报请最高人民法院裁定；对罪犯在执行期间具备法定的减刑、假释条件的，有权提出减刑或假释建议，报人民法院审核裁定；在刑罚执行过程中，如果认为判决确有错误或罪犯提出申诉的，有权转交人民检察院或人民法院处理。

    为了加大对走私犯罪的打击力度，国务院于1998年批准设立了专门的走私犯罪侦查机关。最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部、海关总署于1998年12月3日联合发布了《关于走私犯罪侦查机关办理走私犯罪案件适用刑事诉讼程序若干问题的通知》。该通知规定，根据《国务院关于缉私警察队伍设置方案的批复》和《国务院办公厅关于组建缉私警察队伍实施方案的复函》，海关总署、公安部联合组建成立走私犯罪侦查局。